Soul Eater Not! berfokus pada tombak mahasiswa baru bernama Tsugumi Harudori, yang berteman dengan dua meister lainnya, Meme Tatane dan Anya Hepburn. Ketiganya mengambil bagian dalam kelas NOT (Normally Overcome Target) di DWMA dan belajar mengendalikan kekuatan mereka untuk mengatasi kesulitan mereka untuk memiliki kehidupan normal, sebagai lawan dari kelas EAT (Terutama Advanced Talent) yang berorientasi pada pertempuran yang diambil oleh Maka , Soul, dan rekan mereka.