Ceritanya mengikuti Tohno Shiki, seorang remaja laki-laki yang, setelah kecelakaan hampir fatal di masa kecilnya, memperoleh kekuatan misterius untuk melihat garis-garis yang menutupi segala sesuatu di sekitarnya. Ketika dia memotong sepanjang garis ini, apa pun itu segera hancur dengan potongan yang bersih; dengan kata lain, membunuhnya. Dia akan segera menjadi gila karena hidup di dunia yang bisa hancur dengan begitu mudah, jika bukan karena seorang penyihir yang memproklamirkan diri sebagai pengembara yang memberinya kacamata yang menghalangi persepsi tidak wajarnya saat dikenakan.